Seluruh naskah yang diajukan wajib bebas dari plagiarisme, fabrikasi data, pemalsuan, serta publikasi ganda (ganda submission/duplikasi). Sebelum masuk ke tahap penelaahan sejawat, setiap naskah akan diperiksa tingkat kemiripannya (similarity check) menggunakan perangkat lunak pendeteksi plagiarisme seperti Turnitin atau iThenticate. Batas maksimal tingkat kemiripan yang ditoleransi adalah 20%. Naskah yang melebihi batas tersebut akan dikembalikan kepada penulis untuk direvisi atau ditolak secara langsung tergantung pada tingkat keparahannya.

Apabila pelanggaran etika berat, plagiarisme bermakna, kesalahan fatal dalam data, atau duplikasi penerbitan terbukti terjadi pada artikel yang telah diterbitkan, Indonesian Journal of Contemporary Islamic Educational Studies (IJCIES) akan melakukan tindakan pencabutan artikel (retraction). Proses pencabutan dilakukan mengikuti pedoman baku dari Committee on Publication Ethics (COPE). Artikel yang dicabut tidak akan dihapus dari situs web jurnal, melainkan diberi stempel air (watermark) bertuliskan "RETRACTED" pada setiap halaman berkas PDF, disertai pengumuman pencabutan resmi (Retraction Notice) yang menjelaskan alasan pencabutan demi menjaga transparansi rekam jejak akademik.